VDJtools
10X免疫组知识补充(VDJtools)
工作流程
vdjtools 是一款基于 java 语言的, 借助 R 语言及相应的模块快速进行免疫组库分析软件(绘图都是基于R包)。
vdjtools 官网链接
输入文件 Clonotype tables
- 可变 ( V ) 段名称。
- D 段名称:一些受体链(TRB、TRD 和 IGH)的多样性 ( D ) 片段名称。如果不适用或未识别 D
段,设置为 . 或者 NA。 - 加入 ( J ) 段名称。
- 互补决定区 3 核苷酸序列 ( CDR3nt )。CDR3 以可变区参考点(保守的 Cys 残基)开始,以连接片
段参考点(保守的 PheTrp)结束。 - 翻译后的 CDR3 序列 ( CDR3aa )。
- 可变区段中的体细胞超突变 (SHM )(仅限抗体)
克隆型丰度数据由 计数 和 频率 字段表示:
- 计数:umis 数量
- 频率:样本中克隆型的比例(umis 数量/总 umis 数量)
以下字段是可选的,但用于计算各种统计数据和可视化:
- Vend、Dstart、Dend 和 Jstart:标记CDR3核苷酸序列的V、D、J段边界
输入文件格式
metadata表格(以tab键分割)
- file_name 和 sample_id两列是必须的。 其余列的名称将用于指定metadata 变量名。
- 前两列应分别包含文件名和样本 ID。(文件名应为绝对路径或相对于metadata表格的相对路径;样本ID必须是唯一的)
- sample.id之后的列被视为 metadata 条目。后续作图时可以被调用。
功能模块
VDJtools
https://xuan-98-l.github.io/2023/08/31/VDJtools/