VDJtools

10X免疫组知识补充(VDJtools)

工作流程


vdjtools 是一款基于 java 语言的, 借助 R 语言及相应的模块快速进行免疫组库分析软件(绘图都是基于R包)。
vdjtools 官网链接

输入文件 Clonotype tables

  • 可变 ( V ) 段名称。
  • D 段名称:一些受体链(TRB、TRD 和 IGH)的多样性 ( D ) 片段名称。如果不适用或未识别 D
    段,设置为 . 或者 NA。
  • 加入 ( J ) 段名称。
  • 互补决定区 3 核苷酸序列 ( CDR3nt )。CDR3 以可变区参考点(保守的 Cys 残基)开始,以连接片
    段参考点(保守的 PheTrp)结束。
  • 翻译后的 CDR3 序列 ( CDR3aa )。
  • 可变区段中的体细胞超突变 (SHM )(仅限抗体)

克隆型丰度数据由 计数 和 频率 字段表示:

  • 计数:umis 数量
  • 频率:样本中克隆型的比例(umis 数量/总 umis 数量)

以下字段是可选的,但用于计算各种统计数据和可视化:

  • Vend、Dstart、Dend 和 Jstart:标记CDR3核苷酸序列的V、D、J段边界

输入文件格式

metadata表格(以tab键分割)

  • file_name 和 sample_id两列是必须的。 其余列的名称将用于指定metadata 变量名。
  • 前两列应分别包含文件名和样本 ID。(文件名应为绝对路径或相对于metadata表格的相对路径;样本ID必须是唯一的)
  • sample.id之后的列被视为 metadata 条目。后续作图时可以被调用。

功能模块


VDJtools
https://xuan-98-l.github.io/2023/08/31/VDJtools/
Author
Xuan Liu
Posted on
August 31, 2023
Licensed under